يسهر على حكامة المؤسسة، بالإضافة إلى السيد الرئيس، لجنة مديرية تتألف من 21 عضوا، وهي مقسمة إلى:

• 7 ممثلين عن الإدارات العمومية المعنية بأهداف المؤسسة.
• 7 ممثلين عن النقابات الأكثر تمثيلية لدى المنخرطين. 
• 7 ممثلين عن القطاعات الاقتصادية والمالية والاجتماعية.

على الصعيد العملي، تعتمد المؤسسة تنظيما يرتكز على خدمة المنخرط، حيث تسخر فريقا يضم أكثر من 190 شخص، يشتغلون على مستوى المقر المركزي والخلايا الإدارية الجهوية، من أجل تقديم الخدمات على النحو الأمثل لأسرة التربية والتكوين.

يشتمل المقر المركزي للمؤسسة على أقطاب مهنية تعادل عدد مجالات الاشتغال الاستراتيجية، وهي مسنودة بوظائف للدعم.  بالموازاة، تعمل الوحدات الإدارية الجهوية على متابعة وتقييم المشاريع الجهوية للمؤسسة، فضلا عن التواصل مع المنخرطين وإرسال تقارير ميدانية. من جهة أخرى، تتعزز فعالية الوحدات الإدارية الجهوية بشبكة من المراسلين المحليين، أغلبهم عاملون بالمؤسسات التعليمية، إذ يلعبون دور الوساطة بين المؤسسة وأسرة التعليم على الصعيد المحلي.