La Fondation est administrée par un Comité Directeur tripartite, qui assure sa gouvernance stratégique. Il compte outre le Président de la Fondation, 21 membres au plus, organisés comme suit :

• 7 représentants des administrations concernées par les missions de la Fondation ;
• 7 représentants des organisations syndicales les plus représentatives des adhérents ;
• 7 personnalités représentant les secteurs financier, économique et social.

Sur le plan opérationnel, la Fondation déploie une organisation centrée sur le service à l’adhérent. Elle a pour objectif de desservir d’une façon optimale les prestations offertes à la famille de l’éducation-formation. Une équipe de plus de 190 personnes est ainsi mobilisée au niveau de la structure centrale et des cellules régionales.

La structure centrale abrite des pôles métiers, au nombre des domaines d’activités stratégiques, lesquels sont épaulés par des fonctions support.

Les cellules régionales ont pour missions de remonter l’information et de la relayer sur le terrain, d’assister, de suivre et d’évaluer les projets régionaux de la Fondation. Le réseau des cellules régionales est renforcé par un réseau de correspondants locaux, choisis parmi le personnel des établissements scolaires, dont la mission est d’assurer le relais entre la Fondation et la famille de l’enseignement au niveau local.